Multiplexed Spatiotemporal Proteomics-Guided CAR-T Cell Engineering: A Modular Pipeline for Antigen Drift Compensation in Relapsed/Refractory Hematologic Malignancies
Keywords:
CAR-T cell therapy, antigen escape, spatiotemporal proteomics, single-cell RNA sequencing, CRISPR-Cas9 multiplexing, hematologic malignancies, CD19/CD22 dual targeting, clonal tumor heterogeneity, adoptive cell immunotherapyAbstract
Antigen escape remains a principal mechanism of treatment failure following chimeric antigen receptor T-cell (CAR-T) therapy in relapsed/refractory hematologic malignancies. We present a modular, multiplexed spatiotemporal proteomic framework integrating mass cytometry (CyTOF), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), and CRISPR-Cas9-mediated tandem antigen-targeting to counteract clonal antigen drift in B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) and diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). Utilizing a cohort of 84 post-CAR-T relapse specimens, our pipeline systematically mapped intratumorally heterogeneous surface antigen profiles at single-cell resolution, enabling iterative CAR construct recalibration. Dual-targeting CD19/CD22 constructs engineered via our protocol demonstrated a 61.3% reduction in antigen-loss escape variants in murine xenograft models. These findings establish a reproducible, clinically translatable methodology for adaptive CAR-T cell redesign informed by real-time proteomic surveillance.
References
Бортный Н.А., Бортная Т.Н. Нормальная физиология. Москва. «ЭКСМО», 2011. - 384 с, С. 123-128.
Шаповалова, В. В., Шармазанова, Е. П., Бортный, Н. А., & Скорик, А. Р. (2018). Комплексная лучевая диагностика некротического энтероколита у новорожденных. Здоровье ребенка, 13(Приложение 1), 100-106.
Хвисюк, О. М., Марченко, В. Г., Жеребкін, В. В., Жадан, І. А., Соболєва, І. А., Бодня, К. І., ... & Пересада, Н. О. (2014). Інноваційні освітні технології в реалізації програм безперервного професійного розвитку лікарів. Медична освіта, (4), 124-127.
Султанова, М. М. (2019). Особенности течения и разрешения посттравматических эндофтальмитов у детей. Вісник проблем біології і медицини, 1(1 (148)), 173-177.
Гашимова, Н. Ф., Касимов, Э. М., Султанова, М. М., & Исмаилзаде, С. Ч. (2014). Организация раннего выявления и лечения ретинопатии недоношенных в Азербайджане. Azərbaycan Oftalmologiya Jurnalı, (14), 58-63.
Sultanova, M. M., & Hasanova, R. M. (2024). ASSESSMENT OF VISUAL FUNCTIONS OF CHILDREN BORN IN CONSANGUINEOUS MARRIAGE ON THE BASIS OF APPEAL TO THE DISABILITY COMMISSION. ВЕСТНИК ПРОБЛЕМ БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЫ, 1(4), 611.
Bakardzhiev, I., Ignatova, I., Gesheva, D., Stefanova, K., & Georgieva, V. (2023). Bioflavonoids in medical cosmetology. Journal of Varna Medical College, 6(1), 30-33.
Бакърджиев, И., Игнатова, И., Гешева, Д., Стефанова, К., & Георгиева, В. (2023). БИОФЛАВОНОИДИ В КОЗМЕТИКАТА.
Ignatova, I., Stankov, D., & Gesheva, D. (2022, December). Resonance Electromagnetophoresis. In Varna Medical Forum (Vol. 11, pp. 277-279).
Гешева, Д. (2022). НОРМАТИВНА ОБУСЛОВЕНОСТ НА ПРАКТИЧЕСКОТО ОБУЧЕНИЕ ПО СПЕЦИАЛНОСТ „МЕДИЦИНСКИ КОЗМЕТИК “, БЛАГОПРИЯТСТВАЩА ПРИЛАГАНЕТО НАЛИЧНОСТНО–ОРИЕНТИРАН ПОДХОД. ОСМА НАУЧНА ДОКТОРАНТСКА СЕСИЯ 28.04. 2022 г., 59.
